حکمرانی اسماعیل سامانی در بخارابه هر حال در اوایل کار، مشکل عمده اسماعیل، تحریکات ماجراجویانی محلی و مسأله راهزنان بود. اشخاص ناراضی در بخارا، دزدان را تحریک و تقویت می‏کردند و آنان نیز در اطراف بخارا به طور مستمر به دستبرد و غارت اموال مشغول می‏شدند.

امیر سامانی برای دفع اشرار، از 

• محتشمان و
• دهقانان ولایت

که نا امنی محل، بیشترین زیان را بدانان می‏رساند، یاری جست.

زمانی هم که به کمک آنها به غائله دزدان خاتمه داد، برای آن که این دهقانان «ملاکین محلی» را معارض قدرت خود نیابد، برخی از سرکردگانشان را به سمرقند نزد برادر فرستاد.

در هر حال از آن پس اسماعیل در بخارا به بسط قدرت پرداخت و در معامله با دربار سمرقند، چنان که باید اظهار اطاعت و انقیاد نمی‏کرد.

به طوری که رافع بن هرثمه، سر کرده صعلوکان عرب که هم عنوان امارت داشت و هم مقارن آن ایام از جانب طاهریان بغداد بر ضد صفاریان در خراسان علم شده بود، بنای دوستی نهاد و خوارزم را نیز ضمیمه قلمرو خویش ساخت.

پیشرفتهای اسماعیل بر نصر که از سوی خلیفه امارت ماوراء النهر را داشت ، گران تمام شد تا آن که در جنگی که در 275 ق / 888 م بین دو بردار رخ داد، نصر مغلوب اسماعیل شد و از آن پس معترض اسماعیل نگشت.

با وفات نصر در 279 ق / 892 م و با توجه به رفتار نجیبانه اسماعیل با برادرش و همچنین اعتبار و حیثیتی که آل سامان به دست آورده بود،

خلیفه فرمان حکمرانی بر ماوراء النهر را برای اسماعیل فرستاد «محرم 280 ق / آوریل 893 م».

این امارت ، به امارت استیلا معروف گشت و از آن پس نیز با اظهار مجدد اطاعت و انقیاد در حق خلیفه، امارت ماوراءالنهر در خاندان سامانیان موروثی شد.

این که بعد از امارت نصر، بخارا به جای سمرقند، تختگاه سامانیان شد، ظاهراً تا حدی بدان سبب بود که بخارا نزدیکترین شهر به سرحد خراسان و ماوراء النهر بود و

به قول اصطخری، «هر کس آن جا می‏بود، خراسان را روبه روی خویش داشت و ماوراء النهر را پشت سر خود».

با وجود، استقلال امارت ماوراء النهر برای اسماعیل، از همان اوایل با ماجرای عمرو لیث صفاری مواجه شد که طمع به فرمانروایی ماوراء النهر داشت. 
فرمان حکمرانی ماوراء النهر برای اسماعیل از سوی خلیفه 

دو فرمان حکمرانی برای ماوراء النهر

 در واقع عمرو، واقع بین تر از برادر و همچنین طالب صلح با خلیفه بود. وی به دنبال جنگهایی که در «ثغر» هند کرد و هدایایی که برای معتضد خلیفه فرستاد، بدین ترتیب با وعده و وعید خلیفه فرمان ولایت ماوراء النهر به نام عمرو لیث صفاری صادر کردکه متضمن عزل ضمنی امیر سامانی بود، دریافت کند و به این ترتیب خلیفه با این فرمان که موجب خرسندی فوق العاده عمرو لیث ‏شد،

در واقع قلمرو سابق طاهریان را که ماوراء النهر هم جزو آن محسوب می‏شد، به صفاریان سیستان می‏داد و در عوض او می‏بایست با اتکاء به این فرمان، و با خدعه یا شمشیر، به هر نحوی که بود، آن خطه را از تصرف امیر سامانی خارج کند.

 اجراء فرمان که البته بدون برخورد و جنگ با امیر سامانی غیر ممکن به نظر می‏رسید و باطناً خلیفه هم از صدور آن راضی و خشنود نبود. ناگزیر جنگ بین عمرو لیث صفاری و امیر اسماعیل سامانی در گرفت که در این بین عمرو که مغلوب و اسیر شد.

واقع آن بود که بر حسب روایت طبری، در تمام ماوراء النهر،
مردم و به ویژه طبقات
 نجبا و

دهقانان،

طالب آرامش و صلح بودند و
به همین سبب به حکومت خاندان سامانیان بیشتر از ماجراجویان صفاری، که دوام دولت خود را به جنگ و شمشیر وابسته می‏دانستند رغبت نشان می‏دادند.

به خصوص که مردم در ماوراء النهر، مطمئن بودند که به رغم فرمانی که خلیفه برای عمرو لیث فرستاد، میل باطنی و قلبی او با اسماعیل بوده و البته نظم و امنیت مملکت بر دست سامانیان که عمال رسمی خلیفه و جانشینان رسمی آل طاهر بودند، بیشتر تأمین می‏شد تا به وسیله صفاریان که تا اندازه‏ای مخل امنیت آنان محسوب می‏شدند و در عین حال از نظر خلیفه هم تا حدودی یاغی شناخته می‏شدند.

در حقیقت در ماوراء النهر، عام و خاص سامانیان را می‏خواستند. به خصوص که شهرت عدالت، نرمخویی و جوانمردی اسماعیل هم باعث شد تا عده زیادی از لشکریان صفار نیز به امیر سامانی علاقه مند شوند.

• رویارویی عمرو لیث صفاری با امیر اسماعیل سامانی
• رویارویی داعی علوی با امیر اسماعیل سامانی
• جدایی ری از قلمرو سامانی
  • نظارت بر ثغر ترک، در آن سوی سیحون را که مقابله با هجوم کفار به شهرهای اسلام و
  • سعی در تدارک اسباب غزو و جهاد در بلاد آنها به هنگام ضرورت بود،

  اهتمام وافی داشت.
  
  امیر اسماعیل در اواخر دوران امارت خویش، با هجوم دسته جمعی تعدادی از طوایف ترک مواجه شد که با عده‏ای بی شمار به نواحی شهرهای مسلمین روی آورده بودند.
  
  چنان که در اردوی آنها بیش از هفتصد بسته که متعلق به سرکردگان قوم بود وجود داشت.
  
  اسماعیل لشکری گران برای دفع آنان فرستاد و تعداد کثیری مطبوعه هم به لشکر او پیوستند و بدین گونه سپاه مسلمین بر ترکان شبیخون زده و تمامی آنها را تار و مار کرد. در این بین عده بسیاری از ایشان کشته و تعداد زیاد هم به اسارت درآمدند، حدود رجب 291 ق / می 904 م، طبری III، 2249«.
  
  پس از وفات برادرش نصر، و بلافاصله بعد از دریافت منشور عمل ماوراء النهر، لشکر به جنگ ترکان قرلقی برد «محرم 280 ق / آوریل 893 م» و با تحمل محنت بسیار، شهر «طراز» را محاصره کرد.
  
  عاقبت امیر طراز بیرون آمد و اسلام آورد که با بسیاری از دهقانان طراز گشاده‏رو شد و همچنین
  کلیسای بزرگ را مسجد جامع کردند و به نام امیر المؤمنین معتضد بالله خطبه خواندند
  
  و به این ترتیب امیر اسماعیل با غنایم بسیار به بخارا آمد. 
  
  

جنگهای امیر اسماعیل در داخل قلمرو سامانی